Para combatir la infección por Coccidioides se requerirá una terapia antifúngica agresiva con medicamentos como fluconazol, itraconazol, ketoconazol o anfotericina B. El hongo es muy resistente y el tratamiento será largo y en algunos casos de por vida. Normalmente se administrarán durante al menos un año.
Se deben tratar los signos clínicos como convulsiones, dolor y tos y el veterinario puede prescribir analgésicos, anticonvulsivos o esteroides y supresores de la tos. Mientras tanto, se debe restringir cualquier actividad de la mascota. Si un órgano es afectado gravemente por la infección micótica, lo más recomendable es la extirpación quirúrgica de los abscesos o lesiones que no responden al tratamiento médico.
Muchos perros mejoran después de la medicación oral anti fúngica no obstante, si la terapia no se sigue hasta su finalización o se acorta, el perro puede experimentar recaídas.