En la actualidad, no existe tratamiento disponible para revertir el daño de la mielomalacia progresiva pero sí se pueden tratar los efectos secundarios, que podrán variar de un paciente a otro. En las etapas iniciales el veterinario podría recetar antiinflamatorios y analgésicos contra el dolor. Pruebas de laboratorio indican que algunos medicamentos como el succinato de metilprednisolona sódica o el compuesto de 21-aminoesteroides pueden detener la progresión de la enfermedad; pero no se ha demostrado totalmente su eficacia.
El pronóstico es malo en perros con mielomalacia progresiva porque acaba con la asfixia del perro. Por ello, el veterinario podría recomendarle la eutanasia con el propósito de que el perro no sufra. Cuando la necrosis llega a la quinta vertebra cervical, las neuronas del nervio frénico quedarán afectadas y se paralizará el diafragma y esto provocará un fallo respiratorio.