El tratamiento dependerá de la afección subyacente que esté provocando la pancitopenia. El perro, si estuviera grave, podría necesitar en un primer instante recibir transfusiones de sangre para compensar los bajos niveles de células sanguíneas. También podrá ser necesaria una terapia intensiva con antibióticos y fármacos para estimular la producción de neutrófilos (glóbulos blancos que combaten infecciones) y medicamentos para estimular la producción de eritrocitos.
Una vez estabilizado el perro, el veterinario tratará de que la médula vuelva a producir de forma normal las células sanguíneas. Si la afección ha sido provocada por una infección, se recetarán antibióticos o antiparasitarios según sea el agente infeccioso. Si la condición ha venido causada por una enfermedad autoinmune, el veterinario recetará inmunosupresores y si fuera un cáncer lo más habitual sería utilizar la quimio o radioterapia.
En algunos casos, si se detectarán deficiencias nutricionales, el perro tan sólo podría necesitar suplementos nutricionales para recuperarse.
Durante la recuperación el veterinario realizará un recuento frecuente de células sanguíneas y se debería restringir la actividad física del perro y mantenerlo alejado de otros animales.