El tratamiento debe iniciarse cuanto antes para tener mayores posibilidades de éxito. Los mastocitomas se pueden tratar con cirugía, medicamentos o radioterapía.
Si la zona fuera operable, el veterinario optará por la cirugía para extirpar el tumor. Siempre que fuera posible también retirará las células limítrofes para evitar que se reproduzca. En algunas zonas (patas, cara, etc.) es imposible extirpar un margen amplio como sería deseable.
Si el tumor estuviera en un estado avanzado y se confirmara un alto grado de malignidad, la cirugía debería ser complementada con radioterapía o medicamentos químicos.
En caso de que el tumor no fuera operable, el veterinario indicaría una terapía de radioterapia o de medicamentos químicos para eliminar el tumor (quimioterapía o otros medicamentos que hoy en día ofrecen la posibilidad de atacar solamente a las células del tumor).