Como el diagnóstico basado en reacciones alérgicas puede ser complejo, el veterinario necesitará un informe lo más extenso y detallado posible de la dieta del gato. Además, la intolerancia alimentaria puede ocultar otra serie de trastornos lo cual complica aún más un diagnóstico certero.
Las pruebas de laboratorio básicas (conteo de sangre, perfil bioquímico y análisis de orina) pueden dar resultados normales por lo que hay que recurrir a otros métodos.
El procedimiento de diagnóstico que se utiliza de manera más habitual es el análisis de la dieta. Los alimentos caseros o los planes dietéticos exclusivos con ingredientes de alta calidad y aditivos mínimos son el primer paso. Así se descubre qué agente causa las molestias. En general, a los pocos días de adaptación a la dieta, los síntomas clínicos mejoran.
También se le puede realizar al gato una endoscopia para analizar la estructura interna de los intestinos y tomar una muestra para realizar una biopsia. Mediante radiografías abdominales se excluirán otras enfermedades que puedan tener síntomas clínicos similares.