El tratamiento médico para la miocardiopatía hipertrófica será recomendable solo en perros que padezcan de insuficiencia cardiaca congestiva, arritmia crónica o pérdida frecuente del conocimiento. Para tratar la insuficiencia cardíaca, es probable que se le indique diuréticos e inhibidores de sustancias que causen el estrechamiento de los vasos sanguíneo. Por otra parte, las arritmias podrían ser controladas por bloqueadores de canales de calcio o de beta adrenérgicos para reducir el ritmo cardíaco.
Si el perro no sufre de insuficiencia cardíaca congestiva, podrá ser tratado de forma ambulatoria, restringiendo la actividad física y siguiendo una dieta baja en sodio. También hay que controlar el peso y evitar la obesidad.
El pronóstico es malo en mascotas que han desarrollado una insuficiencia cardíaca congestiva. El veterinario programará citas de control para observar el avance de la enfermedad y hacer ajustes en los medicamentos si así se requiere.